Cytoscape 是开源跨平台复杂网络分析可视化平台，最初面向生物信息学开发，支持 Windows、macOS、Linux 系统，以节点 - 边网络图为核心载...
Cytoscape 是开源跨平台复杂网络分析可视化平台，最初面向生物信息学开发，支持 Windows、macOS、Linux 系统，以节点 - 边网络图为核心载体，实现网络导入、属性数据融合、拓扑计算、聚类挖掘与可视化绘图。软件采用插件（App）扩展架构，内置官方应用商店，按需拓展领域专用分析工具。
核心功能：
- 多源网络导入：支持 CSV、TSV、SIF、CX、SBML、BioPAX 等格式，可导入蛋白互作、基因调控、代谢通路、文献共现网络；
- 网络拓扑分析：计算度中心性、介数中心性、最短路径、网络密度，识别 Hub 核心节点；支持 MCL、Louvain 等算法进行模块聚类；
- 多组学数据融合：将基因表达、差异倍数、理化属性映射至节点颜色、大小、形状、透明度，直观关联网络结构与定量实验数据；
- 通路富集分析：依托各类插件完成 GO、KEGG 富集，解析模块生物学功能；
- 丰富布局算法：环形、力导向、层次布局、边捆绑等，优化大型网络可读性；
- 自动化与协同接口：CyREST API 支持 Python、R 脚本批量处理；矢量图导出 SVG、PDF，满足期刊配图规范。
广泛应用生物信息学（蛋白互作、代谢网络、转录调控）、药学网络药理学、文献计量网络、社交网络、材料分子关联研究。
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